Tommaso Fracanzano è il terzogenito di una famiglia purosangue che rinnegò l'uso della magia a favore di una dissoluta vita negli ambienti artistici pugliesi e campani.

Nato a Napoli nel 1615 da Alessandro, nobile veronese e mediocre pittore, e dalla barlettana Elisabetta Milazzo, ha due fratelli maggiori, Francesco e Cesare, noti pittori della cerchia napoletana, più famosi per le risse a cui prendevano parte di giorno che per la loro attività artistica svolta prevalentemente nelle ore notturne.

Tommaso, rifiutando la vita sregolata della sua famiglia, e abbracciando la natura magica delle sue origini, trova da prima rifugio in alcuni istituti religiosi poi, con la ricezione della missiva da Boscobolla, nella scuola di magia. Sottoposto più volte all'esame del capello Parlante a causa della difficoltà del copricapo nel sondare la sua mente, viene infine smistato con poca convinzione nella Casa di Falcobianco.

Di indole schiva e remissiva, durante la permanenza a scuola concentra i suoi sforzi nell'affinare le arti grafiche, producendo dei primi lavori pittorici che riflettevano una visione cupa della sua giovane vita.

Nell'arco dei sette anni della sua istruzione non raggiunge mai livelli particolarmente alti in nessuna materia e rimane spesso all'ombra di studenti più brillanti e dotati. Negli annali di quel periodo il suo nome viene frequentemente omesso.
Studi postumi sulla sua personalità hanno evidenziato come la tendenza a non apparire e a celarsi dietro l'operato di altri, potesse invece essere un atteggiamento compulsivo, conseguenza della giovanile incapacità di gestire un'innata abilità nell'arte della manipolazione mentale. Tuttavia non vi sono testimonianze concrete che possano suffragare tale tesi.

Nel 1634, terminati gli studi, Tommaso cerca un riavvicinamento con la famiglia e trova la compiacenza della moglie di suo fratello Francesco, Giovanna Rosa, che convince il marito ad accogliere il giovane nella sua casa.
La simpatia tra Giovanna e Tommaso va oltre il rapporto di parentela acquisita. Sorpreso dal fratello maggiore nel letto della moglie, viene da questo sfidato ad un duello di spade. La sfida però si risolve senza spargimento di sangue, quasi come un esercizio di scherma terminato con una stretta di mano. Tommaso si allontana dalla dimora del fratello e la pace coniugale torna a regnarvi.

Per molti anni si perdono le tracce di Fracanzano. Ricostruzioni postume tramite documenti diocesani lo vogliono presente il 10 giugno del 1640 alla posa della prima pietra della Basilica Collegiata di San Barnaba Apostolo a Marino, nel Lazio, al seguito del Cardinal Girolamo Colonna. Testimonianza di un suo riavvicinamento al mondo religioso.

Nel 1644 viene inizialmente indicato come autore, con Francesco Pellizzari del "Tractatio De Monialibus", dedicato all'economia dei conventi e dei monasteri e alla disciplina giuridica degli stessi. Successivamente il testo verrà attribuito solo al Pellizzari.

Nel 1646, viene registrata la sua presenza a Firenze, come consulente nell'atto di donazione da parte di Cintra di Orazio Caciotti di una casa ai Barnabiti di San Carlo.

Nel 1649 fa la sua comparsa a Boscobolla, quando il defunto Preside Giacomo Ricciardi, da molti ritenuto divinatore infallibile, lascia scritto nel testamento di aver avuto una visione di Tommaso Fracanzano come suo successore.
Nominato Preside per acclamazione proprio in quell'anno, dispone, pochi mesi dopo, la soppressione delle quattro Case della Scuola, più per il timore di sottoporre i bambini all'esame del Capello Parlante che altro.

I 23 anni della sua Presidenza saranno costellati da numerosi scontri con vari Ministri, in più occasioni impegnati a cercare di ripristinare la suddivisione in Case degli studenti. Anche i fantasmi dei quattro Fondatori, sentendosi defraudati del loro ruolo, cercano più volte di indurlo a tornare sui suoi passi.

Nel 1672, all'età di 57 anni, alla vigilia di un'ispezione ministeriale atta a valutare il suo stato mentale, Tommaso Fracanzano fa perdere le tracce. Lascia una scuola vacua, privata della vitalità che altri presidi avevano saputo infondere con le loro iniziative. Un istituto chiuso su sé stesso, refrattario ad ogni influenza esterna, che fosse esercitata da potenti, Ministero, Chiesa o qualsiasi altra forza. Una Scuola successivamente descritta dagli studenti dell'epoca come un "carcere dorato", dove veniva privilegiata l'ubbidienza all'insegnamento e dove la devozione veniva premiata con ore di libera uscita.

Secondo gli storici contemporanei Tommaso Fracanzano sarebbe riapparso anni dopo, come membro della confraternita del Padre Cappuccino Marco d'Aviano, incaricato nel 1684 di ricomporre la Lega Santa, un' alleanza cristiana tra i regni di Spagna, Portogallo e Polonia, le Repubbliche di Genova e Venezia, il Granducato di Toscana, il Ducato di Savoia, concordata per contrastare l'espansionismo dell'Impero Ottomano.

Di lui non ci rimangono scritti o trattati. Ogni suo atto è stato sempre documentato in maniera minima e le poche informazioni che sono arrivate ai giorni nostri risultano incomplete e confuse, spesso contraddittorie. Lo stesso quadro che lo raffigura pare essere un autoritratto più volte rimaneggiato, realizzato da un suo famiglio, una gatta grigia di nome Rosa, che dipingeva sotto il controllo mentale del Preside. Quella tela è anche uno dei pochi quadri della Scuola a non essere animato.