Il capitano Jack Harkness era un ex agente del tempo quando ha incontrato per la prima volta il Dottore, durante la crisi della nave medica Chula da lui stesso inconsapevolmente causata. Si era dimesso dall'Agenzia dopo aver scoperto che gli avevano rubato due anni di ricordi. Accolto a bordo del Tardis dalla nona incarnazione del Dottore proprio in quell'occasione, Jack lo seguirà a Cardiff e su Satellite 5, dove lo aiutera' a sconfiggere i Dalek, perdendo la vita. Resuscitato da Rose Tyler (ma senza che ne' lei ne' il Dottore lo vengano a sapere), Jack non riesce pero' subito a tornare sul Tardis. Sapendo che il Dottore prima o poi finira' per tornare a "fare rifornimento" sullo strappo di Cardiff Jack usa il suo manipolatore temporale da polso per andarci, ma vi finisce nel 1869. Il manipolatore si fonde lasciando Jack con ben poche alternative se non quella di attendere.
E' proprio durante l'attesa che Jack scopre che la sua resurrezione l'ha anche reso immortale. Gli agenti che all'epoca gestivano l'agenzia di Torchwood 3 a Cardiff, scoprendolo alieno, lo imprigionano ma alla fine Jack diventera' il capo proprio di Torchwood 3, dove continuera' a lavorare anche dopo la distruzione di Torchwood Londra durante la battaglia di Canary Wharf. Nei suoi uffici sotterranei di Cardiff Jack custodisce la mano che i Sycorax hanno tagliato

al Dottore subito dopo la rigenerazione, e gliela restutuisce quando lo incontra, qualche tempo dopo, durante il primo attacco del Master. In quell'occasione Jack decidera' di rimanere con Torchwood e i suoi colleghi (diventati suo amici e amanti) rinunciando a viaggiare col Dottore a bordo del Tardis.
L'aiuto di Jack e del suo gruppo sara' fondamentale per sventare il piano di Davros quando questi ruba la Terra. In seguito all'attacco della specie 456, Torchwood 3 viene distrutta. Jack, che aveva perso alcuni suoi colleghi l'anno precedente, ne vede morire altri e non riesce piu' a rimanere a lottare sulla Terra. La decima incarnazione del Dottore, subito prima della rigenerazione, lo scova in un bar dove Jack cerca di sopire il suo dolore, e lo aiuta ad agganciare il bell'Alonso.